Theo đó, Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên và Môi trường) tổ chức thu phí thẩm định theo quy định. Mức thu phí thẩm định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép xử lý chất thải nguy hại được quy định theo từng khu vực địa lý - nơi đặt nhà máy xử lý chất thải nguy hại của tổ chức, cá nhân đề nghị cấp giấy phép. 

Người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian 10 ngày làm việc, tính từ thời điểm nhận được văn bản chấp thuận vận hành thử nghiệm của cơ quan cấp phép. 

Phí nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước.